El Colegio Marista de Alajuela se fundó en 1967. Inició sus labores el primer lunes de marzo de aquel año con una población aproximada de 107 estudiantes distribuidos en primero y quinto grado y séptimo año. El director fundador fue el Hermano Juan Alonso Tablado.

La primera graduación de bachilleres tuvo lugar en el año 1971. A los pocos años ingresaron las primeras estudiantes maristas y en el año 1975 se graduaron las primeras bachilleres maristas.

En la década de los 90 fue necesaria una ampliación del Colegio y además nacieron dos programas nuevos: PROEI y Taller Prevocacional para alumnos con necesidades especiales. A partir del presente año funciona solamente el Taller Prevocacional con una matrícula aproximada de 70 estudiantes. 

La presencia marista creció en Costa Rica en el año 1999 con la fundación de una comunidad de Hermanos en Los Chiles, en la zona norte de la provincia de Alajuela. Esta comunidad se traslada a Naranjo en el año 2015. En la actualidad en esta población atienden a unas 30 escuelas y colegios del MEP a través del PROYECTO SÉNECA. El objetivo del proyecto es apoyar a las escuelas y colegios en convivencias para alumnos y alumnas, formación de profesores y profesoras, escuelas de Padres y Madres. La Comunidad Educativa del Colegio de Alajuela está muy implicada en todo este proceso. Esta comunidad Alajuela en el año 2020 sin dejar de atender las escuela de naranjo.